La historia habla sobre Shinichi Kudo, un joven detective de 17 años muy reconocido, que tiene asombrada a la policía ya que resuelve los casos que se le presentan con suma brillantez y siempre esclareciendo los hechos correctamente. Un día, Shinichi lleva a Ran Mouri a un parque de diversiones. Tras un fatal incidente que involucra una pareja y un asesinato en la montaña rusa (esclarecido posteriormente), Shinichi presencia una transacción sospechosa; en eso, dos hombres de negro lo ven, lo golpean y le hacen tragar una píldora, la APTX4869,una droga que, supuestamente, lo mataría y no dejaría rastro en la autopsia; pero sólo le hace encoger su cuerpo hasta la edad aproximada de siete años. Cuando se da cuenta de lo que le ocurrió, decide ir a buscar ayuda a casa de su vecino y amigo, el profesor Hiroshi Agasa. Al principio Agasa desconfía de él, pero después de demostrarle que sus dotes deductivos continúan intactos, Agasa le cree. El profesor le aconseja que no diga nada pues qui