Es el año 1999, Jotaro Kujo llega al pueblo japonés de Morioh por dos motivos: conocer a su tío ilegítimo Josuke Higashikata e investigar a un usuario de Stand peligroso. Minutos después de su llegada encuentra su primer objetivo; sin embargo, Jotaro descubre que Josuke no sólo es un estudiante de secundaria, sino que posee un Stand llamado «Crazy Diamond». Poco después de su encuentro, los dos hacen un descubrimiento: alguien está utilizando un arco y una flecha para crear usuarios de Stand en Morioh. Cuando Josuke se da cuenta de la amenaza que esto supone, decide proteger su pueblo y detener la propagación de usuarios de Stand. Encontrando tanto aliados como enemigos entre esos usuarios en su camino. A medida que avanzan con su investigación, empiezan a descubrir la inquietante historia de Morioh, sacando a la luz un misterioso incidente de hace 15 años.