Una violenta lucha entre clanes ninja y un amor prohibido se unen en Basilisk: The Kouga Ninja Scrolls! Los clanes Kouga Manjidani e Iga Tsubagakure llevan siglos enfrentados y sólo el pacto Hattori Hanzo mantiene la paz entre ellos. Pero cuando el antiguo shogun, Ieyasu Tokugawa, tiene que decidir quién de sus nietos será el sucesor de su hijo, no se le ocurre mejor manera que con una lucha a muerte entre los dos clanes ninja.