La historia comienza en 2011 y sigue a Josuke Higashikata, un joven afligido por amnesia retrógrada, en su búsqueda por descubrir su identidad en Morioh, una ciudad costera japonesa afectada por el terremoto de Tohoku. Sin embargo, su excavación lo lleva a él y a su familia adoptiva al asunto pendiente entre su vida anterior y una amenaza inhumana inminente. JoJolion representa la segunda parte de la serie ambientada en Steel Ball Run Universe.